A trama se passa em um universo em que algo muito misterioso transformou todos os seres humanos em pedra. Séculos depois, o jovem Taiju consegue despertar e logo percebe que seu melhor amigo, Senku, também se livrou do “estado” de estátua. Juntos, eles decidem reconstruir a civilização do zero, mas encontrarão outras pessoas na mesma situação pelo caminho.